La novela se desarrolla en dos hilos narrativos: uno que transcurre en un futuro cercano, y otro situado quinientos años atrás, durante los primeros tiempos de la conquista de América.
Un símbolo desconocido parece conectar un asesinato ocurrido en Miami con el descubrimiento de una tumba indígena en Isla de Pinos, al sur de La Habana. En medio del caos social que experimenta el país ante la inminencia de las primeras elecciones democráticas en casi un siglo, Alicia, una joven criptógrafa, viaja desde Miami a La Habana para colaborar con un equipo de arqueólogos que investigan un inusual objeto hallado en esa tumba. Mientras tanto, un asesino a sueldo se mueve en las sombras para recuperar un legado que no debe salir a la luz bajo ningún concepto.
En la Sevilla del siglo XVI, el maestro encuadernador Jacobo y su hija Juana huyen de la Inquisición rumbo a Cuba, donde los taínos y los conquistadores españoles coexisten en un ambiente cada vez más tenso y peligroso. Poco a poco, y a medida que descubre los secretos de una misteriosa hermandad a la que pertenece su padre, la muchacha va sintiéndose cada vez más atraída por la cultura de esos indígenas —una fascinación que cambiará su vida.
La reconstrucción del universo taíno, y la interacción entre aborígenes cubanos y conquistadores, constituyen un verdadero tour de force nunca antes abordado en la ficción.